
В следующем фильме режиссера – Марс атакует (1996), было гораздо больше ярких красок и картина была визуально легче его последних работ. Но не смотря на то что он собрал в фильме таких звезд как Джек Николсон, Гленн Клоуз, Пирс Броснан и Майкл Дж. Фокс, она получила посредственные отзывы и была не очень популярна в прокате. После этого Бертон возращается к своей темной, готической стилистике и в 1999 году выпускает в прокат фильм – Сонная лощина с Кристиной Риччи и Джонни Деппом. Он получил высокие оценки за свое художественное направление. Дальше он работает на Планетой обезьян 2001-го года, ремейком одноименного классического фильма. Однако он оказывается подвергнут резкой критике, что не помешало ему стать коммерчески успешным. Во время работой над этим фильмом режиссер и познакомился с актрисой Хеленой Бонэм Картер, с которой он до сих пор вместе и имеет общего ребенка.В 2003 году выходит Big Fish (2003), снятый в довольно привычной зрителю стилистике, особенно в сравнении с другими работами режиссера. За это фильм получает множество критики в особенности от своих фанатов, которых разочаровало отсутствие фирменного стиля автора. Многие начинают говорить о начале творческого кризиса режиссера. Однако эти слухи и опаски были развеяны двумя последующими картинами: «Чарли и шоколадная фабрика» по повести для детей Роальда Даля и кукольным мультфильмом «Труп невесты», причём за последний из них он был номинирован на Оскар в 2005 году. В них вернулась свойственная Бертону мрачная манера повествования, а самим фильмам сопутствовал значительный кассовый успех.
В конце октября 2006 компания Warner Bros выпускает повторно мультипликационный фильм «Кошмар Перед Рождеством» в стереоскопическом изображении (3D). Попутно переиздается двойной диск с расширенным саундтреком к фильму. Позднее появляется официальное заявление компании Дисней, о ремастеринге для 3D «Винсента».
В 2006—2007 годах Бёртон предпринимает попытку кино-постановки мюзикла Стивена Сондхейма «Суини Тодд, демон-парикмахер с Флит-стрит». 5 сентября того же года им получена специальная награда венецианского кинофестиваля — Золотой лев за достижения в жизни и творчестве, там же, в рамках объявленного Дня Бёртона демонстрируется 8-минутный (вопреки объявленному 10-минутному) отрывок из будущего фильма.
Двумя неделями ранее пара Бёртон-Бонэм Картер официально объявляет о второй беременности Хелены — дочь Бёртона появляется на свет ночью 15 декабря 2007 года.
В ноябре 2007 года студия Дисней объявляет о своем намерении задействовать Бёртона в двух 3D-анимационных проектах: постановке «Алиса в Стране чудес» и ремейке его собственного фильма «Франкенвини». Бёртон пожелал выступить не только режиссёром, но продюсером и соавтором сценария новой версии «Франкенвини».
В начале 2008 года Бёртон высказывается о его женитьбе на Бонэм Картер, которая может состояться в самое скорое время. Позднее пара продает свои апартаменты в Лос-Анджелесе (США) и окончательно переезжает в Лондон (Великобритания). В октябре 2008 года Бёртон был удостоен почётной награды Scream за вклад в развитие жанра фильмов ужасов. В 2010 Бёртон становится председателем жюри 63-го Каннского фестиваля.